Mientras Bernardo Guanes estaba en prisión, sufrió un derrame cerebral que lo privó parcialmente de la visión, el oído y el movimiento del lado izquierdo de su cuerpo.
Fue acusado falsamente de la muerte de su cuñado, ocurrido en julio de 2020, cuando este último cayó al río Paraná de una canoa de madera con motor fuera de borda. Habrían salido ambos a vender un motor de lancha en zona de San Cosme y Damián.
Estuvo recluido desde entonces en el penal de Itapúa a la espera del juicio que, luego de 4 años, finalmente se realizó y un Tribunal de Sentencia lo declaró inocente.
Finalmente, después de años de juicio, Bernardo Guanes fue absuelto por falta de pruebas y se ordenó su liberación inmediata.
Rolando Aquino, defensa de Guanes, criticó el actuar de la Fiscalía, asegurando que implantaron pruebas para culpar a su cliente del hecho.